Trois ans après les événements exposé dans la saison 2, Jack Bauer et sa fille Kim travaillent au CTU (cellule anti-terroriste).
Alors que Tony est au bloc à la suite de sa balle dans le cou, Michelle est perturbée mais reste directrice de la cellule en l'absence de son mari.
Alvers explique à Michelle que le virus a été mélangé à une substance afin d'accélérer la maladie. Scénario télévision : Evan Katz, Stephen Kronish ; histoire : Robert Cochran, Howard Gordon Tony commence à craquer et Jack prend sa place.
Jack et la cellule sont face à un chantage terroriste qui menace d'une possible attaque biologique si le terroriste Salazar n'est pas libéré dans les 6 heures.
Alors qu'Adam et Kim retracent un compte en banque d'Amador, Julia craque et avoue que Sherry a tué Miliken en ne lui donnant pas ses médicaments. Alors que Kyle tente de se suicider, Jack et Salazar s'affrontent en duel à la roulette russe mais Chase et ses hommes arrivent à temps. Palmer décide alors de ne pas se représenter.
Alors que Palmer découvre que Milliken est mort, Sherry lui affirme que son décès est naturel, occultant sa responsabilité (elle a tenté de le faire chanter en ne lui donnant pas les médicaments qui l'auraient sauvé). Palmer renonce à donner la liste exigée par Stephen.
Saison 6
Jack et Salazar arrivent à s'échapper mais au moment de quitter le pays, Salazar assomme Jack.
Saunders a trompé tout le monde ce qui contraint Jack d'assassiner Chapelle...
Jack finit par la rattraper... Retrouvez tous les horaires et infos de votre cinéma sur le numéro AlloCiné :
L'ex femme du Président Palmer accuse le Président de complicité de meurtre dans l'affaire Miliken.
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Michelle retenue en otage par Saunders oblige Tony à s'efforcer à jongler entre la pression de Saunders et celle de Jack et du Président. L’une d’elles est de tuer le directeur régional de la Division Ryan Chappelle.
Alors que Tony apprend que Michelle est infectée, Craig Phillips et Michelle tentent de calmer les esprits dans l'hôtel. Jack essaie de gérer son addiction à l’héroïne contractée après sa mission sous couverture avec Hector et Ramon Salazar et il n’a toujours pas surmonté la mort de sa femme Teri lors de la première saison. Malheureusement le dernier tube, détenu par Rabens, est à Los Angeles mais inrepérable. Jack bien infiltré chez les Salazar, promet à Claudia de la sortir d'ici mais il faut que Chase s'en sorte vivant. Kim est découverte et Jack se doit d'interroger Jane Saunders pour localiser Stephen.
Tony récupère Michelle pendant que Jack se charge de Saunders. Un cadavre est jeté devant le palier de l'hôpital central de Los Angeles.
Chase mène un commando pour attendre que Saunders soit repérable. Hector Salazar revoit son frère et accueille Jack comme un ami.
Saunders contacte le Président Palmer et lui fait part d’une série de revendications.
Jack doit trouver une solution.
Jack manipule Saunders grâce à Jane et obtient des informations sur les 11 tubes restants, éparpillés un peu partout dans le pays.
Le plan est de faire infiltrer Jack de nouveau chez les Salazar dans le but de prendre contact avec les savants ukrainiens qui détiennent le véritable virus.
On apprend aussi qu'à la suite de ses précédentes aventures, Jack Bauer souffre d'une grave addiction à l'héroïne, mais il tente de s'en défaire, quoique avec difficultés.
Hector a confié une mission de transport de drogue à Kyle Singer, un jeune Américain. Mais Saunders a prévu un plan de secours...
Kim qui rêve de vengeance, doit se concentrer.
Alors que Jack et Nina rentrent à Los Angeles en avion, Nina déclenche un virus dans les systèmes informatiques de la Cellule.